Als Pfahlwurzel wird bei Pflanzen eine Wurzel bezeichnet, die sich aus der Keimwurzel (Radicula) zur Hauptwurzel entwickelt und vertikal in den Boden wächst. Aus der Pfahlwurzel entspringen schräg oder waagrecht abgehende Seitenwurzeln erster Ordnung, sie ist also Teil eines heterogenen Wurzelsystems.
Die Pfahlwurzel ist kräftig entwickelt. Sie übertrifft die Seitenwurzeln an Länge und Durchmesser. Sie ist für viele Gymnospermen und Dikotylen charakteristisch. Die Pfahlwurzel kann als Speicherorgan deutlich verdickt sein (Rübe wie bei Bryonia alba). Sprossbürtige Wurzeln fehlen. Bäume, die das Pfahlwurzelsystem auch im adulten Stadium beibehalten, sind die Tanne, Kiefer und Eiche. Pflanzen mit Pfahlwurzel kommen häufig auf trockenen und tiefgründigen Böden vor, wachsen aber auch in Felsspalten hinein.
Das Gegenteil der Pfahlwurzler sind die Flachwurzler.
Synonyme:
Pfahlwurzler